Le Centre de recherche translationnelle en onco-hématologie (CRTOH), créé en 2017 et rattaché à la Faculté de médecine de l'Université de Genève, se consacre à la promotion de la recherche translationnelle et interdisciplinaire sur le cancer, impliquant une collaboration entre cliniciens et chercheurs et une proximité avec les patients. Le CRTOH comprend plus de 30 groupes de recherche (300+ collaborateurs).

Le projet global intitulé « GTOP », pour Geneva Translational Oncology Programme, fait partie du CRTOH. Il vise à promouvoir la recherche en oncologie de précision basée sur l'analyse des tissus. Cette approche promet de révolutionner la prise en charge des patients atteints du cancer en permettant de définir de manière personnalisée, la meilleure option thérapeutique à apporter à un moment donné à un patient.

L'infrastructure nécessite l'engagement de personnes aux compétences diverses, qui va de la prise en charge des échantillons de recherche au développement et à l'utilisation d'outils d'analyse bio-informatique. C'est dans ce contexte que nous souhaitons recruter:

Au sein de cette structure, le/la titulaire aura pour mission d'étudier, développer et mettre en oeuvre des concepts/méthodes et moyens d'analyse bio-informatiques de grandes quantités de données scientifiques/biologiques dans le domaine de la biomédecine moléculaire, dans le but de soutenir les recherches effectuées par le Centre de recherche translationnel en oncohématologie (CRTOH). Cette mission comprend 4 grands axes.

 Analyse des besoins :

• Sélectionner et appliquer les meilleures méthodes d'analyse en fonction des problématiques.
• Fournir des rapports bio-informatiques clairs et interprétables.

Développement de solutions :

• Concevoir et optimiser des pipelines de traitement de données intégrant les contrôles qualité requis.
• Standardiser les processus analytiques et gérer un Système de Management de l'Information du Laboratoire (LIMS).
• Tester et intégrer les dernières méthodologies bio-informatiques en les adaptant aux besoins spécifiques.

Mise en oeuvre des solutions - exploitation :

• Déployer et maintenir les pipelines d'analyse en production.
• Assurer le stockage, la standardisation et la diffusion des données (principes FAIR).
• Effectuer des contrôles qualité et générer des rapports détaillés sur les données produites.

Documentation, veille et communication :

• Participer à la visualisation des résultats et à la rédaction de publications scientifiques.
• Effectuer une veille scientifique et technologique pour rester à la pointe des avancées en bio-informatique.
• Contribuer aux échanges et collaborations au sein du réseau de bio-informatique de la Faculté.

• Master ou doctorat en sciences/biologie, biochimie ou bio-informatique.
• Plusieurs années d'expérience en analyse bio-informatique, développement de pipelines et dans des services de bio-informatique académiques publics (ou secteur privé).
• Bonne compréhension des techniques génomiques, transcriptomiques, protéomiques, des analyses d'images de microscopie et des algorithms d'analyse de données spatiomiques.
• Esprit analytique, rigueur et aptitude à travailler en équipe dans un environnement de recherche innovant.

Compétences particulières nécessaires au poste :

• Participation à des études publiées en tant qu'analyste de données 'single-cell' ou spatiales
• Parfaite maîtrise de la biostatistique, de la visualisation des données scientifiques, et des langages de programmation Python, R, Bash.
• Expérience démontrée de Git et solide compréhension et application des bonnes pratiques de développement.
• Expérience démontrée avec des outils de containérisation et des framework d'orchestration de pipeline (nextflow, snakemake ou autre).
• Expérience des bases de données relationnelles (SQL).
• Excellentes connaissances de l'anglais (écrit et parlé).

01.09.2025 ou à convenir

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